Edyta Stein urodziła się 12 października 1891 r. we Wrocławiu jako jedenaste dziecko głęboko wierzących Żydów: Zygmunta i Augusty z domu Courant. Z licznego rodzeństwa wychowało się tylko siedmioro dzieci. Niedługo po urodzeniu Edyty zmarł jej ojciec. Rodzinny interes przejęła przedsiębiorcza matka, zmieniając go w dobrze prosperującą i uznaną firmę.
W wieku 6 lat Edyta rozpoczęła naukę w szkole, gdzie osiągała bardzo dobre wyniki. W wieku 14 lat wyjechała do starszej siostry. W czasie trwającego 8 miesięcy pobytu jej życie religijne uległo znacznemu osłabieniu. Następnie wróciła do domu i z nowym zapałem podjęła dalszą naukę w gimnazjum. Chociaż w domu gorliwie przestrzegano przepisów religii, Edyta w wieku 20 lat uważała się za ateistkę. W 1911 r. z doskonałymi wynikami zdała egzamin dojrzałości i podjęła studia filozoficzne we Wrocławiu. Dwa lata później wyjechała do Getyngi, by tam studiować fenomenologię. Zgodnie ze swoimi wielkimi zdolnościami intelektualnymi, nie chciała przyjmować nic, jeżeli nie zbadała tego gruntownie sama. Dlatego tak usilnie poszukiwała prawdy. "Poszukiwanie prawdy było moją jedyną modlitwą" - pisała później. Zafascynowana wykładami prof. Edmunda Husserla, zaczęła pisanie doktoratu. Pracę nad nim przerwał wybuch I wojny światowej.

Edyta zgłosiła się do Czerwonego Krzyża, została pielęgniarką i zaczęła pomagać zakaźnie chorym. Po półrocznej pracy, zupełnie wyczerpana, została zwolniona ze służby sanitarnej. W 1915 r. złożyła egzamin państwowy z propedeutyki filozofii, historii i języka niemieckiego. Wykładała te przedmioty w gimnazjum wrocławskim im. Wiktorii. W 1916 r. została asystentką prof. Husserla we Fryburgu. Rok później uzyskała u niego tytuł doktorski. Przyjaźniła się też z uczniami Husserla, między innymi z Romanem Ingardenem. Pod silnym wpływem mistrza i jego szkoły fenomenologicznej, Edyta Stein coraz bardziej poświęcała się filozofii, ucząc się patrzenia na wszystko bez uprzedzeń. Dzięki temu, że w Getyndze spotkała Maxa Schelera, po raz pierwszy poznała idee katolickie.
W 1921 r. dokonało się jej nawrócenie dzięki zetknięciu się z autobiografią mistyczki i doktora Kościoła, św. Teresy z Avila. Przeczytała tę książkę w ciągu jednej nocy i wreszcie - szukając prawdy - znalazła Boga i Jego miłosierdzie. Poprosiła wówczas o chrzest i pociągnęła swoim zapałem siostrę - Różę. 1 stycznia 1922 r. przyjęła chrzest i I Komunię św. Otrzymała imię Teresa. Nie oznaczało to dla niej zerwania więzów z narodem żydowskim. Twierdziła, że właśnie teraz, gdy powróciła do Boga, poczuła się znów Żydówką. Była świadoma, że przynależy do Chrystusa nie tylko duchowo, lecz także poprzez więzy krwi. W 1923 r. przystąpiła także do sakramentu bierzmowania.
Jej rozwój duchowy odbywał się głównie w klasztorze Sióstr Dominikanek św. Magdaleny. Nadal była nauczycielką w jednym z wrocławskich liceów, łącząc pracę pedagogiczną z naukową. W latach 1923-1931 wykładała w liceum i seminarium nauczycielskim w Spirze. W 1932 prowadziła wykłady w Instytucie Pedagogiki Naukowej w Monasterze, starała się łączyć naukę z wiarą i tak je przekazywać słuchaczom. W tym czasie złożyła trzy śluby prywatne i żyła już właściwie jak zakonnica, wiele czasu poświęcając modlitwie. Jednocześnie prowadziła bardzo wnikliwe studia nad spuścizną św. Tomasza z Akwinu, starając się objaśnić pewne elementy jego mistyki przy pomocy metody fenomenologicznej. Często była proszona o wygłaszanie odczytów na konferencjach i przy innych różnych okazjach. Prowadziła kursy szkoleniowe, pisała artykuły, wygłaszała wykłady w radio.

W Monasterze wykładała tylko przez dwa miesiące - gdy władzę przejęli narodowi socjaliści, musiała opuścić Monaster. Przeniosła się do Kolonii, gdzie 14 października 1933 r. wstąpiła do Karmelu. 15 kwietnia następnego roku otrzymała habit karmelitański. Gorąco pragnęła mieć udział w cierpieniu Chrystusa, dlatego jej jedynym życzeniem przy obłóczynach było: "żeby otrzymać imię zakonne od Krzyża". Po nowicjacie złożyła śluby zakonne i przyjęła imię Benedykta od Krzyża. Już jako karmelitanka zaczęła pisać swoje ostatnie dzieło teologiczne Wiedza krzyża, które pozostało niedokończone. 21 kwietnia 1938 r. złożyła śluby wieczyste.
W tym czasie narodowy socjalizm objął swoim zasięgiem całe Niemcy. Benedykta, zdając sobie sprawę, że jej żydowskie pochodzenie może stanowić zagrożenie dla klasztoru, przeniosła się do Echt w Holandii. 2 sierpnia 1942 r. podczas masowego aresztowania Żydów została aresztowana przez gestapo i internowana w obozie w Westerbork. Następnie, wraz z siostrą Różą, 7 sierpnia deportowano ją do obozu w Auschwitz. Tam 9 sierpnia 1942 roku obie zostały zagazowane i spalone.
Beatyfikacji Edyty Stein dokonał w Kolonii 1 maja 1987 r. św. Jan Paweł II, kanonizował ją zaś 11 października 1998 roku. Swoim listem apostolskim motu proprio z 1 października 1999 r. ogłosił ją - wraz ze św. Brygidą Szwedzką i św. Katarzyną ze Sieny - patronką Europy.